El siglo XX comienza con el bicampeonato de Peñarol al ganar en 1901 la Copa Uruguaya. Este campeonato cuenta con la presencia por primera vez del rival de todas las horas, Nacional. En el torneo se estamparía la tendencia de Peñarol Campeón y Nacional segundo, un hecho que se repite seguido a lo largo de la historia, marcando a fuego al equipo que más veces terminó subcampeón. Este mismo año se obtiene la Copa Competencia Chevallier Boutell (Local) al enfrentar y vencer 1 a 0 a Alumni de Argentina.

El 12 de Mayo de 1901 se jugó el primer clásico oficial por la Liga entre Peñarol y Nacional con resultado favorable a Peñarol de 3 a 1 en la Villa Peñarol.

En estos años el club tenía figuras como Juan Pena, quien fue el primer innovador ofensivo. La idea de que el centrodelantero debía ser el goleador obligado comenzó a quedar de lado cuando este jugador convenció a todos que también se podía llegar por la punta como wing derecho.

El año 1903 señala un suceso que traduce una directriz de la conducta de Peñarol. El Club Nacional había ganado un partido 4 a 0 al Uruguay Athletic F.C. El club perdedor protestó el partido porque no había sido presentado el formulario en tiempo y forma. Si Nacional perdía los puntos, Peñarol sería el campeón. El presidente de la Liga Jorge Clulow, dio el partido por válido. Peñarol, fiel a la norma de que los partidos se ganan en la cancha, votó a favor de Nacional, lo que determinó la igualdad de puntos que obligaría a jugar una final, que se jugó en 1904 y ganó Nacional.

Tras dos años sin grandes triunfos y un año sin fútbol por la Guerra Civil (1904), llega otra temporada que marcará la historia del club. En 1905 Peñarol logra la Copa Uruguaya de forma invicta, sin puntos ni goles en contra. Este hecho histórico nunca se volvió a repetir en el fútbol uruguayo.

Peñarol Campeón Invicto en 1905. Arriba: Francisco Carbone, Germán Arímalo. Centro: Ángel Irisarri, Edmundo Acevedo, Luis Carbone, Guillermo Davies, Lorenzo Mazzucco, Ceferino Camacho. Abajo: Juan Pena, Aniceto Camacho, Eugenio Mañana y Pedro Zibecci.

Otra gran figura que revoluciona al fútbol desde el arco es Leonardo Crossley, por  su técnica, por su estilo para atajar la pelota, y por devolverla jugando.

En 1908 comienza la fase crítica entre el club y la empresa, cuando se produce una violenta huelga que afectó a los ferrocarriles. Además de las primeras huelgas, comienzan los conflictos sociales. Los problemas parecían no tener fin y ante numerosos fallos absurdos de la “Liga Uruguaya” el club decide desafiliarse. Pocos días después también Nacional se desafiliaba por motivos similares. Luego, por gestiones realizadas de la Liga ante el club, se reintegra en la temporada de 1909.

Dentro de tantos problemas el 26 de abril de 1908 debuta con la camiseta de Peñarol José Piendibene. Fue en la Villa Peñarol como puntero derecho, y durante 20 años enseñó su fútbol majestuoso, por eso el apodo de “El Maestro”. En esta década, el Club Albion abandona el fútbol y el CURCC (Peñarol) se convierte en el club decano en la práctica de este deporte en el Uruguay.

Copas Ganadas en la década 1901-1910:

• Copa Uruguaya AUF: 1901, 1905, 1907.
• Copa Competencia Chevallier Boutell (Local): 1901, 1902, 1904, 1905, 1907, 1909, 1910.
• Copa de Honor Cusenier (Local): 1907, 1909.
• Copa de Honor Intenacional: 1909.
• Copa Artigas: 1909, 1910.

Otras Copas o Torneos Amistosos:

• Trofeo Victoria: 1906.
• Copa Mantegani: 1910.
• Copa Estímulo: 1909, 1910.
• Copa José P. Varela: 1910.