Fue una de las décadas más exitosas del club por no decir la más exitosa. Peñarol alcanzó la gloria tanto a nivel local como continental y mundial, en varias oportunidades. 

En el año 1961 se obtiene la triple corona: el campeonato uruguayo, la Copa Libertadores y la Copa Intercontinental. El plantel se reforzó con grandes jugadores como Joya, Sasía, Edgardo González y el juvenil Pedro Rocha que lo ascendieron. A nivel sudamericano, se repitió la gesta del año anterior, y esta vez se derrotó a Palmeiras en duros partidos, con victoria en Montevideo y empate en San Pablo. Posteriormente llegó la Copa Intercontinental, esta vez ante Benfica. Cuenta la leyenda que cuando perdimos la final en 1960, el presidente no tuvo tiempo de lamentarse y ya estaba pensando en cómo ganar la siguiente. Tras una caída en Lisboa y una goleada en Montevideo, volvimos a jugar en Montevideo y llegamos a la cima del mundo.

El equipo base de 1962

En 1962 se cerró un ciclo exitoso a nivel local conquistando el Campeonato Uruguayo por quinta vez consecutiva: Peñarol obtenía su Primer Quinquenio de Oro. En materia clásica, eliminamos al tradicional rival en semifinales de la Libertadores y lo derrotamos las dos veces por el campeonato local.

El año 1963 pasó sin pena ni gloria. Se derrotó al tradicional rival en los dos clásicos de la Copa Uruguaya pero no se pudo lograr el sexenio y quedamos afuera en semifinales de la Libertadores. En uno de los partidos más recordados, el 7 de julio Peñarol vapuleó 9 a 1 al Everest, siendo una de las goleadas más abultadas de la Copa.

Al año siguiente volvimos a conquistar el campeonato local. Bajo la conducción de Roque Gastón Máspoli, Peñarol se consagró campeón invicto y con luz sobre su escolta.

Para la temporada 1965 llegó al club Ladislao Mazurkiewicz, quien se convertiría en uno de los arqueros más emblemáticos del club. Peñarol se consagró campeón uruguayo nuevamente.

En 1966 se vio uno de los mejores equipos de toda la historia: Mazurkiewicz, Forlan, Goncalves, Díaz, Caetano, Abbadie, Rocha, Spencer, Sasía y Joya. Tras un pésimo arranque en la Libertadores con derrota 4 a 0 en un clásico, revertimos la situación y el equipo no paró hasta la final. Tras 3 partidos apasionantes ante River Plate, nos consagramos campeones de América en Santiago de Chile con un 4 a 2 que está escrito en las páginas más gloriosas de nuestro club. Por si eso fuera poco, en octubre nos volvimos a ver las caras con el Real Madrid y Peñarol se despachó con dos victorias para consagrarse otra vez Campeón del Mundo.

El equipo de 1966

En las dos temporadas siguientes, 1967 y 1968, Peñarol quedó por el camino en semifinales de la Libertadores pero se consagró Campeón Uruguayo, en calidad de invicto. El cierre de la década se da con la obtención de la Supercopa de Campeones Intercontinentales en 1969 derrotando a Estudiantes 3 a 1 en la ciudad de La Plata. Se produjo un éxodo de jugadores, entre los que se incluyeron Abbadie, Joya y Rocha, y el retiro de Goncalves, lo que puso punto final a un ciclo exitosísimo. Quedará para el recuerdo la histórica goleada 11 a 2 ante el Valencia de Venezuela por la Copa Libertadores, siendo hasta ahora el partido con mayor diferencia y más goles a favor en la historia del certamen.

Copas Ganadas en la década 1961-1970:

• Copa Libertadores: 1961, 1966
• Copa Intercontinental: 1961, 1966
• Copa Uruguaya: 1961, 1962, 1964, 1965, 1967, 1968
• Supercopa de Campeones Intercontinentales: 1969

Otras Copas o Torneos Amistosos:

• Torneo Cuadrangular: 1963